南京医科大学校级科研机构一览表
| 序号 | 建设时间 | 名称 | 所属二级单位 |
| 1 | 2011 | 南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室 | 附属眼科医院 |
| 2 | 2011 | 南京医科大学异种移植重点实验室 | 基础医学院 |
| 3 | 2011 | 南京医科大学口腔疾病研究重点实验室 | 附属口腔医院 |
| 4 | 2011 | 南京医科大学卫生政策研究中心 | 医政学院 |
| 5 | 2012 | 南京医科大学中西医结合研究所 | 第一附属医院 |
| 6 | 2013 | 南京医科大学医患沟通研究中心 | 医政学院 |
| 7 | 2014 | 南京医科大学胰腺研究所 | 第一附属医院 |
| 8 | 2015 | 南京医科大学生物医学大数据研究与应用重点实验室 | 公共卫生学院 |
| 9 | 2015 | 南京医科大学慢性肾脏病研究重点实验室 | 第二附属医院 |
| 10 | 2015 | 南京医科大学整合肠病学重点实验室 | 第二附属医院 |
| 11 | 2015 | 南京医科大学数字医学研究所 | 附属南京医院 |
| 12 | 2015 | 南京医科大学人口健康与社会发展研究中心 | 医政学院 |
| 13 | 2015 | 南京医科大学红十字眼库重点实验室 | 附属眼科医院 |
| 14 | 2016 | 南京医科大学医药模式动物重点实验室 | 实验动物中心 |
| 15 | 2016 | 南京医科大学心脑血管药物重点实验室 | 药学院 |
| 16 | 2016 | 南京医科大学临床医学工程重点实验室 | 生物医学工程与信息学院 |
| 17 | 2016 | 南京医科大学肺癌转化医学重点实验室 | 附属肿瘤医院 |
| 18 | 2016 | 南京医科大学先心病重点实验室 | 附属儿童医院 |
| 19 | 2016 | 南京医科大学医学信息学与管理研究所 | 第一附属医院 |
| 20 | 2016 | 南京医科大学康复医学研究所 | 第一附属医院/康复医学院 |
| 21 | 2016 | 南京医科大学脑功能影像研究所 | 附属脑科医院 |
| 22 | 2016 | 南京医科大学消化道早癌研究所 | 第一附属医院 |
| 23 | 2016 | 南京医科大学免疫细胞转化研究中心 | 附属江宁医院 |
| 24 | 2017 | 南京医科大学神经保护药物研究重点实验室 | 基础医学院 |
| 25 | 2017 | 南京医科大学马歇尔幽门螺杆菌研究重点实验室 | 附属南京医院 |
| 26 | 2017 | 南京医科大学血液研究重点实验室 | 第一附属医院 |
| 27 | 2017 | 南京医科大学口腔数字化医疗技术工程中心 | 附属口腔医院 |
| 28 | 2017 | 南京医科大学认知行为治疗研究所 | 附属脑科医院 |
| 29 | 2017 | 南京医科大学医学史研究中心 | 医政学院 |
| 30 | 2017 | 南京医科大学衰老及相关疾病研究重点实验室 | 附属逸夫医院 |
| 31 | 2017 | 南京医科大学罕见代谢性疾病研究重点实验室 | 基础医学院 |
| 32 | 2017 | 南京医科大学护理研究中心 | 护理学院 |
| 33 | 2017 | 南京医科大学医院管理研究所 | 附属逸夫医院 |
| 34 | 2017 | 南京医科大学泌尿男科疾病重点实验室 | 第一附属医院 |
| 35 | 2018 | 南京医科大学整合预防医学研究院 | 公共卫生学院 |
| 36 | 2018 | 南京医科大学全科医学研究中心 | 康达学院 |
| 37 | 2018 | 南京医科大学免疫微环境与重大疾病重点实验室 | 基础医学院 |
| 38 | 2018 | 南京医科大学环境与人群健康研究所 | 公共卫生学院 |
| 39 | 2018 | 南京医科大学药物靶标与新药研发中心 | 药学院 |
| 40 | 2018 | 南京医科大学人工心脏研究所 | 第二附属医院 |
| 41 | 2018 | 南京医科大学医学物理研究中心 | 附属常州二院 |
| 42 | 2018 | 南京医科大学心肺复苏研究院 | 附属逸夫医院 |
| 43 | 2019 | 南京医科大学脑科学研究院 | 附属脑科医院 |
| 44 | 2019 | 南京医科大学肺部结节诊疗研究中心 | 附属脑科医院 |
| 45 | 2019 | 南京医科大学医学影像重点实验室 | 第一附属医院/影像学院 |
| 46 | 2020 | 南京医科大学神经内分泌肿瘤研究所 | 第一附属医院 |
| 47 | 2020 | 南京医科大学中毒研究所 | 第一附属医院 |
| 48 | 2021 | 南京医科大学急性肾损伤研究中心 | 附属逸夫医院 |
| 49 | 2021 | 南京医科大学胃癌研究所 | 第一附属医院 |
| 50 | 2021 | 南京医科大学智慧医院研究所 | 附属常州二院 |
| 51 | 2021 | 南京医科大学核医药临床转化中心 | 第一附属医院 |
| 52 | 2021 | 南京医科大学-丹麦口颌面疼痛与下颌功能运动国际联合研究中心 | 附属口腔医院 |
| 53 | 2021 | 南京医科大学外科感染与免疫临床转化研究中心 | 附属明基医院 |
| 54 | 2022 | 南京医科大学脊柱脊髓疾病研究中心 | 第一附属医院 |
| 55 | 2022 | 南京医科大学结直肠病研究所 | 第一附属医院 |
| 56 | 2022 | 南京医科大学儿童数字化骨科研究与临床转化中心 | 附属儿童医院 |
| 57 | 2022 | 南京医科大学基因科学与精准医学中心 | 公共卫生学院 |
